Los beneficiarios han de ser, al menos, de dos países participantes, de los que uno debe proceder de un Estado miembro. Una operación podrá llevarse a cabo en un único país, siempre que se determinen sus repercusiones y beneficios transfronterizos o transnacionales.
Los beneficiarios de las ayudas, que pueden ser:
- Organismos públicos.
- Entidades equivalentes a públicas (sujetas al derecho público y con una participación pública no menor del 50%).
- Organizaciones sin ánimo de lucro como universidades, ONG o fundaciones.
- Sector privado: PYME.
- La Dirección General de Fondos Europeos en calidad de Autoridad de Gestión o Autoridad de Certificación de los programas operativos.
- La Intervención General de la Administración del Estado en calidad de Autoridad de Auditoría de los programas operativos.