El sistema informático Fondos 2000 va dirigido a la Dirección General de Fondos Europeos que es la responsable funcional del mismo. Además están implicados en este sistema todos los organismos que participan en la gestión de los fondos comunitarios de una forma directa o indirecta, independientemente de cual sean sus responsabilidades. Entre éstos están los siguientes:
- Las unidades de la Dirección General de Fondos Europeos (Ministerio de Hacienda y Función Pública) que intervienen en el proceso (Unidad de administración del FEDER, Unidad de administración del Fondo de Cohesión y Cooperación interterritorial europea, Unidad de certificación y Pagos, etc.), como autoridad de gestión y de certificación.
- La Unidad administradora del FSE (Ministerio de Empleo y Seguridad Social).
- Ministerios responsables de operaciones cofinanciadas por la Comisión Europea (Mº de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente, Mº de Fomento, etc), que intervienen como Órganos ejecutores y Organismos intermedios.
- Otras administraciones (Comunidades Autónomas, Consejerías, Ayuntamientos, Corporaciones, etc.).
- Intervención General de la Administración del Estado (ONA) que interviene como autoridad de auditoría.
- Comisión Europea.