Europako Batasuneko Funtsen Zuzendaritza Nagusiko unitateez gain, lurralde-lankidetzako programa operatiboen kudeaketan parte hartzen duten erakunde guztiak daude sartuta sistema honetan. Besteak beste, hauek:
- Europako Batasuneko Funtsen Zuzendaritza Nagusiak KA gisa jarduten duen lurralde-lankidetzako programa operatiboetako eragiketen bitarteko taldeburuak, kideak eta erakundeak.
- Lurralde-lankidetzako programa operatiboetako Baterako Idazkaritza Teknikoak.
- Gastu-baliozkotzeen gainean ikuskaritza egiteko baimendutako enpresa pribatuak eta erakunde publikoak.
- Beste administrazio batzuk (autonomia-erkidegoak, kontseilaritzak, udalak, korporazioak eta abar).
- Estatuko Administrazioaren Kontu-hartzailetza Nagusiak (ONA) eta eskualdeetako Kontu-hartzailetzek ikuskaritza-agintari gisa jarduten dute.
- Europako Batzordea.