Os beneficiarios han de ser, polo menos, de dous países participantes, dos que un debe proceder dun Estado membro. Unha operación poderá levar a cabo nun único país, sempre que se determinen as súas repercusións e beneficios transfronteirizos ou transnacionales.
Os beneficiarios das axudas, que poden ser:
- Organismos públicos.
- Entidades equivalentes a públicas (suxeitas ao dereito público e cunha participación pública non menor do 50%).
- Organizacións sen ánimo de lucro como universidades, ONG ou fundacións.
- Sector privado: PEME.
- A Dirección Xeral de Fondos Europeos en calidade de Autoridade de Xestión ou Autoridade de Certificación dos programas operativos.
- A Intervención Xeral da Administración do Estado en calidade de Autoridade de Auditoría dos programas operativos.