Els beneficiaris han de ser, almenys, de dos països participants, dels quals un ha de procedir d'un Estat membre. Una operació podrà dur-se a terme en un únic país, sempre que es determinin les seves repercussions i beneficis transfronterers o transnacionals.
Els beneficiaris de les ajudes, que poden ser:
- Organismes públics.
- Entitats equivalents a públiques (subjectes al dret públic i amb una participació pública no menor del 50%).
- Organitzacions sense ànim de lucre com a universitats, ONG o fundacions.
- Sector privat: PIME.
- La Direcció general de Fons Europeus en qualitat d'Autoritat de Gestió o Autoritat de Certificació dels programes operatius.
- La Intervenció General de l'Administració de l'Estat en qualitat d'Autoritat d'Auditoria dels programes operatius.