La Secretaría General de Fondos Europeos es la responsable funcional de la plataforma CoFFEE. Además, están implicados en este sistema todos los organismos y entidades que participan en la gestión de los fondos u otros mecanismos con financiación comunitaria de una forma directa o indirecta, actuando sobre él atendiendo a los roles que desempeñan en el proceso de gestión. Entre ellos están los siguientes:
- Las unidades de la Secretaría General de Fondos Europeos (Dirección General de Fondos Europeos y Dirección General del Plan y del Mecanismo de Recuperación y Resiliencia) y sus unidades dependientes, como Autoridades de Gestión, Autoridad de Certificación (o unidad de contabilidad), Autoridad responsable (del Plan)...
- Ministerios, organismos de la Administración General del Estado y de Comunidades Autónomas y Corporaciones Locales, responsables de operaciones cofinanciadas o proyectos desarrollados en el marco de los fondos y mecanismos gestionados.
- Intervención General de la Administración del Estado e Intervenciones regionales, interviniendo como Autoridad de Auditoría u órgano de Control.
- Instituciones europeas.