O sistema informático Fondos 2000 vai dirixido á Dirección Xeral de Fondos Comunitarios que é a responsable funcional deste. Ademais, están implicados neste sistema todos os organismos que participan na xestión dos fondos comunitarios dunha forma directa ou indirecta, independentemente de cal sexan as súas responsabilidades. Entre estes están os seguintes:
- As unidades da Dirección Xeral de Fondos Comunitarios (Ministerio de Facenda e Función Pública) que interveñen no proceso (Unidade de administración do FEDER, Unidade de administración do Fondo de Cohesión e Cooperación interterritorial europea, Unidade de certificación e Pagos, etc.), como autoridade de xestión e de certificación.
- A unidade administradora do FSE (Ministerio de Emprego e Seguridade Social).
- Ministerios responsables de operacións cofinanciadas pola Comisión Europea (Ministerio de Agricultura, Alimentación e Medio Ambiente, Ministerio de Fomento etc.) que interveñen como órganos executores e organismos intermedios.
- Outras administracións (comunidades autónomas, consellerías, concellos, corporacións, etc.).
- Intervención Xeral da Administración do Estado (ONA) que intervén como autoridade de auditoría.
- Comisión Europea.