El sistema informático Fondos 2007 (objetivo 3) está previsto para el tratamiento de nueve programas operativos de cooperación territorial europea (POCT). La Dirección General de Fondos Comunitarios, además de ser la responsable funcional del mismo, puede actuar en cada POCT de forma diferente.
- En el España-Portugal (POCTEP) a DGFC es Autoridad de Gestión (AG).
- En el Madeira-Azores-Canarias (POMAC), si bien la Comunidad autónoma de Canarias es la AG, la DGFC ofrece la posibilidad de utilizar Fondos 2007 para realizar sus funciones.
- En el España-Francia-Andorra y en el Espacio Sudoeste Europeo la DGFC es Autoridad de Certificación (AC).
- En el Fronteras Exteriores (antiguo España-Marruecos) la DGFC es tanto AG como AC.
- En los cuatro POCT restantes, la DGFC es Corresponsal Nacional (CN) en lo que se refiere a socios españoles.