O sistema informático Fondos 2007 (obxectivo 3) está previsto para o tratamento de nove programas operativos de cooperación territorial europea (POCT). A Dirección Xeral de Fondos Comunitarios, ademais de ser a responsable funcional deste, pode actuar en cada POCT de forma diferente.
- En España-Portugal (POCTEP), a DXFC é autoridade de xestión (AG).
- En Madeira-Azores-Canarias (POMAC), aínda que a Comunidade Autónoma de Canarias é a AX, a DXFC ofrece a posibilidade de utilizar Fondos 2007 para realizar as súas funcións.
- En España-Francia-Andorra e no espazo suroeste europeo, a DXFC é autoridade de certificación (AC).
- En fronteiras exteriores (antigo España-Marrocos), a DXFC é tanto AX como AC.
- Nos catro POCT restantes, a DXFC é correspondente nacional (CN) no que se refire a socios españois.