La Secretaria General de Fons Europeus és la responsable funcional de la plataforma CoFFEE. A més, estan implicats en aquest sistema tots els organismes i entitats que participen en la gestió dels fons o altres mecanismes amb finançament comunitari d'una forma directa o indirecta, actuant sobre ell atenent als rols que exerceixen en el procés de gestió. Entre ells estan els següents:
- Les unitats de la Secretaria General de Fons Europeus (Direcció general de Fons Europeus i Direcció general del Pla i del Mecanisme de Recuperació i Resiliència) i les seves unitats depenents, com a Autoritats de Gestió, Autoritat de Certificació (o unitat de comptabilitat), Autoritat responsable (del Pla)...
- Ministeris, organismes de l'Administració General de l'Estat i de Comunitats Autònomes i Corporacions Locals, responsables d'operacions cofinançades o projectes desenvolupats en el marc dels fons i mecanismes gestionats.
- Intervenció General de l'Administració de l'Estat i Intervencions regionals, intervenint com a Autoritat d'Auditoria o òrgan de Control.
- Institucions europees.