El sistema informàtic Fons 2007 (objectiu 3) està previst per al tractament de nou programes operatius de cooperació territorial europea (POCT). La Direcció General de Fons Comunitaris, a més de ser la responsable funcional d'aquest, pot actuar en cada POCT de manera diferent.
- A l'Espanya-Portugal (POCTEP) a DGFC és Autoritat de Gestió (AG).
- Al Madeira-Açores-Canàries (POMAC), si bé la Comunitat autònoma de Canàries és l'AG, la DGFC ofereix la possibilitat d'utilitzar Fons 2007 per dur a terme les seves funcions.
- A l'Espanya-França-Andorra i a l'Espai Sud-oest Europeu la DGFC és Autoritat de Certificació (AC).
- Al Fronteres Exteriors (antic Espanya-Marroc) la DGFC és tant AG com AC.
- En els altres quatre POCT, la DGFC és Corresponsal Nacional (CN) pel que fa a socis espanyols.