El sistema informàtic Fons 2020 va dirigit a la Direcció general de Fons Europeus que és la responsable funcional del mateix. A més, estan implicats en aquest sistema tots els organismes que participen en la gestió dels fons comunitaris d'una manera directa o indirecta, independentment de quines siguin les seves responsabilitats. Entre aquests figuren els següents:
- Les unitats de la Direcció general de Fons Europeus (Ministeri d'Hisenda i Funció Pública) que intervenen en el procés (Unitat d'administració del FEDER, Unitat d'administració del Fons de Cohesió i Cooperació interterritorial europea, Unitat de certificació i Pagaments, etc.), com a autoritat de gestió i de certificació..
- La Unitat administradora del FSE (Ministeri de Treball, Migracions i Seguretat Social).
- Ministeris responsables d'operacions cofinançades per la Comissió Europea (Mº d'Agricultura, Pesca i Alimentació, Mº de Foment, etc), que intervenen com a Òrgans executors i Organismes intermedis.
- Altres administracions (comunitats autònomes, conselleries, ajuntaments, corporacions, etc.).
- Intervenció General de l'Administració de l'Estat (ONA) i intervencions regionals, intervenen com a autoritat d'auditoria.
- Comissió Europea.